В этот мрачный для прессы год был принят закон, направленный на подавление критики в средствах массовой информации, причислив ее к экстремизму. Он гласит, что экстремистская деятельность включает «публичную клевету в отношении лица, занимающего государственную должность Российской Федерации». По мнению КЗЖ, он напоминает законы советских времен, использовавшиеся для преследования критиков. Нападки на инакомыслящих начались в январе, когда президент России Владимир Путин подписал закон, ограничивающий деятельность неправительственных организаций (НПО). Закон наделял Министерство юстиции широкими полномочиями закрывать их за участие в деятельности, которая идет вразрез с «политической независимостью Российской Федерации». Через десять месяцев власти использовали расплывчатую формулировку этого закона для закрытия Общества российско-чеченской дружбы, выполнявшего функции центра по правам человека и издательства.

7 октября 2006 года была застрелена обозреватель «Новой газеты» Анна Политковская, ведущий эксперт по чеченской войне. Семь лет ей угрожали, заключали в тюрьму, вынуждали к изгнанию, пытались отравить. Репортажи Политковской вскрывали факты нарушения прав человека, исчезновения людей, коррупции, пыток и убийств. Она резко критиковала поддерживаемого Кремлем премьер-министра Чечни Рамзана Кадырова. В последнем репортаже Политковской, неопубликованном на момент ее смерти, утверждалось, что сотрудники чеченских правоохранительных органов пытали молодых чеченцев, заставляя их сознаваться в преступлениях, которых они не совершали.

Через три дня после убийства Путин заявил, что Политковская пользовалась «незначительным» влиянием в России. Он отмел возможность причастности к убийству каких-либо должностных лиц, предположив вместо этого, что оно является результатом иностранного заговора, призванного подорвать авторитет Кремля. Он сослался на «надежные доказательства» того, что заговорщики собирались «принести кого-либо в жертву, чтобы породить волну антироссийских настроений во всем мире». Расследовавший убийство Политковской бывший российский разведчик Александр Литвиненко был отравлен. Перед смертью он обвинил Кремль в организации этого преступления. Путин назвал смерть Литвиненко трагедией, но посетовал, что она была использована в качестве «политической провокации».

Некоторые журналисты, например, корреспондент Радио Свобода Юрий Багров, были лишены аккредитации в отместку за свои репортажи.

В августе 2006 года в Грозном люди в масках похитили корреспондента независимого еженедельника «Чеченское общество» Элину Эрсеноеву. Она писала о социальных вопросах, проблемах беженцев, условиях содержания в тюрьмах Грозного.

Журналистов продолжают убивать за их профессиональную деятельность. Вагиф Кочетков, корреспондент московской газеты «Труд» и обозреватель местной газеты «Тульский молодой коммунар», скончался 8 января 2006 года от травм головы, полученных в результате нападения. Он писал о наркоторговле и махинациях в фармацевтической промышленности. Незадолго до нападения ему угрожали по телефону. Нападавшие забрали у Кочеткова сумку с паспортом, служебным удостоверением и документами, имеющими отношение к его работе, но деньги и дубленку не взяли. Власти объявили нападение уличным разбоем. В конце года дело все еще находилось на рассмотрении.

Критически настроенные журналисты по всей России подвергаются юридическим и бюрократическим преследованиям в связи с профессиональной деятельностью.

Владимир Рахманькова, редактора интернет-издания «Курсив» (Иваново), обвинили в оскорблении президента в статье «Путин как фаллический символ России». Следователи обыскали офис издания, изъяли компьютеры, опечатали помещение и конфисковали его личный компьютер. Рахманькова оштрафовали на 20 тысяч рублей, а сайт закрыли.

В августе 2006 года Калининградский областной суд по требованию Федеральной службы контроля за соблюдением законодательства в сфере массовых коммуникаций закрыл оппозиционный еженедельник «Новые колеса». Росохранкультура заявила, что в публикациях об убийстве местного бизнесмена газета нарушила тайну следствия. Прокуратура возбудила 16 уголовных дел против основателя издания «Новые колеса» Игоря Рудникова и журналистов Олега Березовского, Александра Березовского и Дины Якшиной в ответ на их критические публикации.

Власти ожесточенно преследуют единственную независимой газету Перми «Пермский обозреватель». В ней появлялись критические публикации о деятельности городской администрации. Милиция в мае и в августе 2006 года устраивала обыск в редакции с конфискацией серверов, компьютеров, дисков, карт флэш-памяти, записей и фотографий. В августе против всех сотрудников издания были заведены уголовные дела о «нанесении оскорбления», «нарушении права на частную жизнь» и «разглашении сведений, составляющих государственную тайну». В сентябре по подозрению в разглашении государственных тайн арестовали фотокорреспондента «Пермского обозревателя» Владимира Королева.

За последние пяти лет некоторые компании, связанные с Кремлем, перекупили крупные независимые каналы и издательства. В сентябре 2006 года союзник Кремля металлургический магнат Алишер Усманов купил издательство «Коммерсант». Газета «Коммерсант» заслужила репутацию аналитического издания, часто критикующего действия Кремля. Усманов пообещал журналистам не вмешиваться в редакционную политику. Но на фоне жесткого контроля Кремля в сфере национального телевидения многие рассматривают все это как стремление управлять освещением событий в СМИ в преддверии президентских выборов 2008 года.

Трудно не согласиться с выводами Комитета защиты журналистов. Людей, понимающих, что такое адекватная информация, и желающих ее получать, в России недостаточно. Пока что типичный российский избиратель голосует так, как велит телевизионная пропаганда. Поэтому Кремль так активно борется с источниками свободной, неподцензурной информации. А ценой этой борьбы порой становится жизнь журналистов, пишущих правду.