В докладе, представленном на Совете улемов, говорилось, что в республике никто не знает и не контролирует, по каким программам и книгам преподносятся знания в медресе, также неизвестно точное количество учебных мусульманских заведений. В то же время на юге Киргизии весьма активно действует экстремистская исламская партия «Хизб-ут Тахрир», имея в своих рядах, по данным заместителя председателя Государственной комиссии по делам религий при правительстве Киргизии Натальи Шадровой, около 2500 молодых сторонников.
Цель запрещенного в Киргизии движения «Хизб-ут Тахрир» — создание единого мусульманского государства (халифата) на территории азиатских стран. Киргизские спецслужбы утверждают, что в последнее время «хизбут-тахрировцы» стали переходить от идеологической борьбы к силовым методам.
Контролирует религиозную жизнь в Киргизии Государственная комиссия по делам религий при правительстве. Девять членов Комиссии в основном заняты регистрацией религиозных церквей и объектов. Известно, что 80 процентов коренного населения Киргизии придерживаются ислама. Официально действуют 954 мечети, 42 медресе, семь исламских институтов. Христианских объектов зарегистрировано 250 и 11 учебных заведений. В последнее время активизируются протестантские деноминации.
Между тем 29 ноября в Бишкеке вышел первый номер ежемесячной газеты православной церкви «Православный мир». Как заявил митрополит Бишкекский и Среднеазиатский Владимир, «такое издание необходимо именно сейчас, когда остро стоит проблема межнационального и межконфессионального мира». В дальнейшем 5-тысячный тираж газеты планируется распространять по всему Центрально-Азиатскому региону.